Vorlesung (Hauptstudium)
Algorithmische Bioinformatik II
Dr. Volker Roth
Das Gebiet Bioinformatik umfasst im weitesten Sinn die Anwendung von Informatik auf biologische Fragestellungen. Schwerpunkt der Vorlesung "Algorithmische Bioinformatik" ist die Entwicklung von Algorithmen für die Behandlung von ungenauen/verrauschten biologischen Daten. Die Vorlesung orientiert sich weitgehend an dem Buch "Biological Sequence Analysis" von Durbin/Eddy/Krogh/Mitchison.
Nach einem Überblick über biologische/chemische Grundlagen der Bioinformatik werden einzelne Problembreiche/Fragestellungen der Bioinformatik extrahiert. Zum einen handelt es sich um die Datenverarbeitung genetischer Information mit den dazugehörigen mathematischen/informatischen Konzepten (dynamisches Programmieren und Sequenzalignment, Wahrscheinlichkeitslehre, Markovprozesse, hidden Markov Models, probabilistische Alignmentmodelle). Einen weiteren Schwerpunkt bildet die algorithmische und mathematische Behandlung phylogenetischer Bäume und der zugrundeliegenden Evolutionsmodelle.
Den Abschluss der Vorlesung bildet eine Einführung in die Analyse von Genexpressionsdaten. Zentrale Themen hierbei sind die Datenaufbereitung, das Lernen von Klassifikatoren und die Extraktion relevanter Gene.
Eine Vertiefungsmöglichkeit ist durch die Teilnahme an der Projektgruppe Bioinformatik gegeben.
| Semesterwochenstunden | 3V + 2Ü |
| Übungen | (Dr. Volker Roth) |
| Voraussetzungen | Informatik Vordiplom |
| Bereich (alte DPO) | B,C |
| Bereich (neue DPO) | B |
| Literatur | Biological Sequence Analysis (Durbin/Eddy/Krogh/Mitchison) |
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